El plan de estudios de la Maestría en Agronegocios del Café está constituido por los núcleos de formación: Contextualización de la producción cafetera, Agronegocios del Café, Innovación y Desarrollo Tecnológico, Socio-humanístico y ambiental y Electivo, distribuidos en 4 semestres.  Algunas asignaturas serán compartidas con la Universidad de Caldas y la Universidad del Quindío.